一、以合作對象區分，漁業合作可分為以下三類：
1.政府對政府
        這是最正式且具官方層面的合作方式，由我國政府與魚源國政府簽訂漁業合作協定，並由我國業者依協定規定向對方政府申請捕魚執照後赴其經濟海域或漁業養護區作業。如我國過去與南非之漁業合作即屬此類型。
2.民間團體對政府，又可細分為二類：

• 我國民間漁業團體與魚源國政府簽訂入漁協定。目前我國與密克羅尼西亞及巴布亞紐幾內亞之圍網漁船捕魚協定，係由台灣圍網公會代表我國業者與該二國政府簽訂；與塞昔爾之鮪釣漁船捕魚協定，即係由台灣區鮪魚公會代表我國業者與該國政府簽訂。
• 我國民間私人公司與魚源國政府簽訂入漁協定，並由該私人公司代漁船向該政府申請作業許可，如目前延繩釣漁船與吉里巴斯等國家之漁業合作即屬此類型。

3.民間團體對民間團體，又可細分為三類：

• 我國政府授權之民間團體，與魚源國之民間公司合作所成立之當地合作公司，再由該公司向其政府申請作業許可證。高雄市漁輪公會以往與澳洲之漁業合作即採此方式進行。
• 雙方政府各自授權之民間團體或公司，簽訂合作契約。如民國 79 年以前我國與印尼之漁業合作，即由雙方政府指定之高雄市漁輪公會與印尼之 YMTK 公司進行合作。
• 由漁源國當地私人公司向該國政府申請一定數量之漁業執照後，遵循該國法令向外招商，再由我國業者向當地私人公司購買作業權利，並由該私人公司代漁船向該政府申請執照。目前與帛琉等國家之漁業合作即屬此類型。

二、以合作型態區分，漁業合作可分為以下三種：
1.付費入漁
        漁業合作通常牽涉費用之給付，由船東付給魚源國政府作業權利金即所謂之付費入漁（Fishing Access Fee），有時候魚源國亦要求漁撈國附加補償金或技術援助，而付費入漁之合作方式係業者最樂意採用者，合作漁船依合作契約條件繳付入漁費給魚源國政府，並藉此取得入漁作業許可證，合作期滿後，倘雙方無意續約，合作自然終止，合作風險不高。
2.租船合作
        有些魚源國國內法令規定，水產資源僅能供其本國國民享用，或國家已將其水域內之水產資源以配額方式分配給其本國業者，而其本國業者卻沒有足夠之工具捕撈該等資源，漁源國政府乃准許其業者租用外國漁船以捕撈該資源。所謂租船合作（Charter Agreement）其實際運作係我國漁船出租給魚源國之某一民間公司，再由該公司負責向其政府取得作業許可執照。
3.聯合投資
        聯合投資（Joint Venture）之運作是由我國船東與魚源國某公司合作在魚源國聯合投資成立一公司，爾後我船東將漁船賣給該聯合投資公司，且登記為該公司之財產，依經驗顯示，大部份之聯合投資公司當地國規定外資最多僅能占49%，因此我船東所承擔之風險相當大，再加上我國漁業公司多為家族式經營之中小企業，缺乏熟識國際事務之人才，外語溝通能力不足，致業者大都不願採用，除非係迫於現實作業漁場之考慮，如過去魷釣業者與阿根廷之聯合投資即是一顯例。