我國漁業生產結構偏重遠洋作業,遠洋漁業產量佔漁業總產量百分之五十以上,加上近海漁業資源日漸枯竭,以往以近海為作業漁場之小型船隻紛紛至遠距離水域作業,廣義之遠洋漁業產量可能超過漁業總產量百分之六十。
自1980年代以來,各沿海國相繼宣布實施200浬專屬經濟海域,昔日之傳統漁場被劃為沿海國管轄之海域,造成漁業糾紛及漁船被扣事件頻生。
為此,政府於1989年間發起成立「財團法人中華民國對外漁業合作發展協會」,協助政府及業者爭取對外漁業合作,減少漁船遭他國扣捕,更期藉著漁業資訊之提供、法令之宣導,教育業者及漁撈從業人員,使我國遠洋漁業在國際政治環境居於劣勢情況下,仍能永續發展。