聯合國糧農組織由成員國組成的大會管理，每兩年召開一次會議，對本組織開展的工作進行審議並批准下兩年度的工作計畫和預算。 大會選舉 49 個成員國，組成理事會作為臨時管理機構。理事會成員任期為三年，到期輪換。大會還選舉總幹事，領導本機構。現任總幹事雅克•迪烏夫博士系塞內加爾人，於 1994 年 1 月開始為期 6 年的任期，爾後再次當選並於 2000 年 1 月開始其第二個 6 年任期。

聯合國糧農組織由 8 個部組成，即：行政及財務部、農業部、經濟及社會部、漁業部、林業部、一般事務及新聞部、可持續發展部以及技術合作部。 該組織擁有約3,450 多名工作人員，其中包括約1,450 名專業人員和 約2,000 名一般服務人員。

除了在羅馬的總部以外，還設有 5 個區域辦事處， 5 個分區域辦事處， 5 個聯絡處以及 78 個駐國家代表處。